乙脑的主要传染源是家畜、家禽,在流行期间猪的感染率可达100%,马在90%以上,为本病重要的动物传染源。
人被感染后仅发生短期病毒血症且血中病毒数量较少,乙脑病人以及隐性感染者,作为传染源的可能性很小。乙脑经过蚊虫叮咬而传播,能传播本病的蚊虫很多,已被证实的有库蚊、伊蚊和按蚊。
猪是我国数量最多的家畜,由于它对乙脑病毒的自然感染率高,自然界总保持着大量的易感猪,构成猪-蚊-猪的传播。叮咬过猪的蚊虫携带病毒,然后再叮咬人,造成猪-蚊-人的传播。由于乙脑的传播与蚊虫密切相关,本病主要发生在夏秋季节。