甲氨蝶呤是一种改变病情的抗风湿药物,由于反应性关节的患者大多具有自限性,所以很少应用甲氨蝶呤这类改变病情药物,只有当患者应用非甾体类抗炎药物效果比较差或者是病程超过三个月以上,病程呈慢性化改变或者反应性关节炎患者的病情反复复发,又用柳氮磺胺吡啶治疗效果差或者是对柳氮磺胺吡啶过敏不能应用,这个时候可以考虑应用甲氨蝶呤。
其次是硫唑嘌呤,但是这些药物对治疗反应性关节炎的研究一般是短疗程的,并且缺乏对照研究,所以对反应性关节炎的确切疗效目前仍然是难以判定的。对于一些重症关节炎伴有全身的炎症反应,有时候可以应用小剂量的口服糖皮质激素治疗。
目前用来治疗反应性关节炎的新的药物非常少,对于目前比较流行的生物制剂是否能用来治疗反应性关节炎,仍然没有大宗的临床数据以及治疗效果来证明它治疗有效。