慢性肾盂肾炎的病理特点是肾组织活动性炎症与修复纤维化瘢痕形成的综合改变,因病情和病程不同,病变可累及一侧或双侧肾脏。双侧肾脏损伤程度可不相同,病变分布也不均匀,呈不规则灶性、多灶性或片状。
大体解剖可见肾包膜苍白,不易剥脱,肾外表因瘢痕收缩而凹凸不平,肾盂及肾盏生长扩大,肾盂肾盏粘膜及输尿管管壁增厚,皮质及乳头处瘢痕形成,肾髓质变性,皮质与髓质分界不清,严重者肾实质广泛萎缩。
光镜下肾间质可见淋巴细胞、单核细胞浸润,急性发作期还可见到中性粒细胞浸润,伴不同程度肾间质纤维化,伴肾小管萎缩和消失,管腔内充盈脓稠蛋白管型,有时管腔内尚可见白细胞,早期肾小球相对正常,晚期出现肾小球荒废。