慢性肾盂肾炎主要是以抗感染治疗,对于反复发作者强调治疗前应通过尿细菌培养确定病原菌以明确是复发或再感染,若治疗菌尿转阴停药后六周内再次出现同一种细菌的感染为复发,而再感染是另一个新的致病菌侵入引起的感染。
抗生素的选择可以根据病情,尿细菌培养和药物敏感实验结果来选择以选择最有效且毒性小者常用的药物有头孢菌素类、半合成青霉素类、喹诺酮类,磺胺类,可以采用两种药物联合使用的方法,疗程至少维持两到三周,但用药三到五日症状无改善应考虑换用其他抗生素也可以依据药物敏感试验结果将四种抗生素分为两组轮流使用,每组使用一个疗程,停药一周再开始下一组药物治疗。