用于牙周病的药物主要包括全身用药和局部用药。全身用药主要是全身口服应用抗菌药物,主要包括硝基咪唑类药物,甲硝唑、替硝唑和奥硝唑。四环素类药物,包括四环素,米诺环素和多西环素。青霉素类药物主要是阿莫西林,大环内酯类药物主要是螺旋霉素。
而用于牙周病的局部药物包括有含漱药物,主要是0.12%到0.2%的氯己定溶液,它是目前已知效果最确切的抗菌斑药物。第二类是涂于局部的,收敛消炎的,包括有碘伏、碘甘油。第三类是冲洗药物,可以用于龈上冲洗和龈下袋内冲洗,主要是3%的过氧化氢溶液和0.12%到0.2%的氯己定溶液。还有控释和缓释的抗菌药物,主要是2%的米诺环素软膏和20%的甲硝唑凝胶棒。