儿童少年精神分裂症的确切病因未明，现有研究提示有以下几个致病因素：
（一）遗传因素：精神分裂症的遗传度高达85%，儿童少年精神分裂症有阳性家族史的比例高于成人。研究发现，少年前期精神分裂症中双卵双生子的同病率为17.1%，单卵性双生子则高达70.6%。该病致病基因尚不明确。
（二）神经生理因素
1.多巴胺活动过度研究发现精神分裂症患者的中脑的边缘系统通路多巴胺含量升高，提出该病与多巴胺活动过度、患者体内多巴胺受体敏感性增高有关。
2，谷氨酸有许多研究提示精神分裂症的多巴胺异常是继发于谷氨酸能神经调节紊乱的基础之上的，且绝大多数精神分裂症的易感基因都与谷氨酸的传递有关。
3.另外氨基丁酸5-羟色胺也起重要作用
（三）脑影像异常：随着功能磁共振、单光子发射体层摄影和正电子发射体层摄影的发展与应用，精神分裂症患者的某些脑区如海马、额叶、颞叶、边缘区等体积缩小、密度改变、皮层厚度变薄等。
（四）环境及社会心理因素：尽管环境及社会心理因素对精神分裂症的致病作用很小，但不少研究提示围产期异常、生长发育异常的儿童患该病的比例大；社会阶层低、居住条件恶劣、社会隔离及生活事件和困难多的群体患病的比例大；而患者的个性、社会支持等又与疾病的病程和预后相关。不能断言环境及社会心理因素是疾病的致病因素，但它确实一定程度上影响了疾病的发展与转归。
