正常人小肠内的细菌比较少,如果肠道运动减弱或者因胃肠道手术引起的小肠淤滞时,可以导致肠道内致病菌比如金黄色葡萄球菌、艰难梭状芽孢杆菌等过度生长,慢性严重性萎缩性胃炎或者某些原因导致胃酸缺乏时小肠上段的PH值梯度上升,小肠下段以及结肠细菌出现上移,就可以导致小肠细菌过度生长。
它的结果可以使结核胆酸分解为游离胆酸,从而影响脂肪的吸收,细菌竞争性摄取营养物质影响糖、蛋白质的吸收消化,电解质竞争性的夺取食物中的维生素b12、维生素a、维生素d造成巨幼红细胞性贫血和骨质软化,代谢产生的短链脂肪酸和气体可引起腹胀、腹痛。