实验室检查白细胞计数和分类大多正常,如白细胞总数增多,中性粒细胞比例升高,C反应蛋白明显高于正常,应考虑合并细菌感染,取咽部泡液或粪便,经组织培养或接种于乳鼠可得致病病毒。同时可取急性期及恢复期血清进行特殊的中和抗体,补体结合或血凝抑制试验,以助确诊。
在疾病流行期间,根据典型症状和特征性咽峡部损害即可做出诊断,最好通过从损害处分离到病毒或通过特征新的抗体滴度升高加以证实,但这些检查并不推荐常规采用。疱疹性口腔炎任何季节均可发病,呈现更大持续更久的溃疡,柯萨奇a组病毒也会引起类似病变,但口咽部损害突出,治疗对症处理。