目前来说,在临床上纤维肌痛综合症的发病机制尚不十分清楚,有研究表明,纤维肌痛综合征患者,肌肉的疼痛来源于神经末梢,即疼痛感受器,机械性的牵拉,挤压,p物质,缓激肽,钾离子,化学刺激以及缺血性肌肉收缩,都会刺激神经末梢,引起肌肉疼痛。
约三分之一的患者血清中胰岛素,胰岛素生长因子1,以及与生长激素有关的氨基酸浓度均降低的变化有关,另外该病还可以继发于骨性关节炎,椎间盘突出症等疾病,这些疾病引起的外周伤害性疼痛,如:反复、刺激、脊索神经元,可以导致中枢敏化作用,最终会出现纤维肌痛综合征的典型慢性疼痛。