人体感染隐孢子虫后寄生在小肠黏膜,破坏微绒毛引起小肠吸收障碍以及双糖酶缺乏,引起渗透性的腹泻。本病的临床症状和严重程度,取决于宿主的免疫功能和营养状况。
免疫功能正常的患儿感染程度比较轻者,多数可以表现为没有症状性。如感染稍重主要表现为急性水样腹泻或稀糊样便,一般没有脓血。多数患儿持续数天或一到两个月以后可以自行停止,呈自限性的腹泻。
免疫功能低下的患儿,比如营养不良的患儿,腹泻的病程一般比较长,可以达到数日至数月。由急性转为慢性而反复发作者并不少见,迁延性和慢性隐孢子虫肠炎的粪便多呈黏液稀便或稀水样便,常可以伴有腹痛、腹胀、恶心、呕吐、食欲减退、低热等。